企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。
　　第一，向仲裁机构申请仲裁解决。
　　企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
　　切记，没有仲裁协议的，不能申请仲裁。有仲裁协议的，不能向人民法院起诉。仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，不能就同一纠纷事件再申请仲裁或向人民法院起诉。
　　企业之间因劳动争议引起的纠纷或签订《劳动合同》的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
　　河南新乡市第一工具厂与新招入厂的车工技师Ａ签订为期１０年的《全员劳动合同书》，厂方给予Ａ优厚的待遇，待妻子、儿女调入新乡市，为其支付城市增容费１２００ 元，分给一套二室一厅住房，多次给Ａ晋升工资。Ａ不负众望，改革一系列革新项目，作出了突出贡献。后来Ａ在外面高额报酬吸引下，合同未到期，擅自辞职，给工具厂带来很大的经济损失。工具厂向新乡市劳动仲裁委员会提出申诉，经新乡市劳动仲裁委员会裁决，Ａ赔偿经济损失及城市增容费３万余元。
　　第二，向工商行政管理部门投诉。
　　《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”第二十条规定：“违反本法第十条规定侵犯商业秘密的，监督、检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。”
　　企业的商业秘密被侵犯人的不正当行当行为侵犯，可以按上述规定，向县级以上工商行政管理部门投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。
　　湖北省鄂州塑料电线厂职工张××，擅自离职，将该将研项目铝合金焊丝生产工艺技术秘密和经营信息销售渠道私自提供给鄂州市××电线厂，该厂生产的产品同塑料电线厂为同一产品，在不正当竞争中，使塑料电线厂遭受重大经济损失。塑料电线厂向鄂州市工商局投诉，鄂州市工商局作出处罚决定，责令张××及××电线厂停止违法行为，同时分别处以１.５万元和１万元的罚款。
　　第三，向人民法院起诉。
　　根据《刑法》、《民法通则》、《技术合同法》、《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
　　中船总公司７１８所，利用１０多年时间研制出系列水电解制氢装置，有显著经济效益。１９９２年——１９９３年，从事该项目技术研究的高级工程师许××等１８位技术骨干，集体跳槽，利用自己掌握的技术与其他单位合作，生产销售同一产品，与７１８所进行不正当竞争，使７１８所遭受重大经济损失。７１８所向邯郸市中级人民法院起诉，１９９６年１０月，邯郸市中级人民法院起诉，１９９６年１０月，邯郸市中级人民法院判决：６个被告单位和个人，立即停止使用该技术生产和销售产品，承担受理费１０万元，赔偿原告经济损失１１１２万元，并负有保守技术秘密不泄露的责任。
　　第四，协商解决。商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。